gromacs教程-10-了解采樣

來源: 嗶哩嗶哩 2023-08-18 07:37:11

反饋投訴

怎么理解速度方程？

速度方程：我們前面已經(jīng)給了力，速度，那么怎么運(yùn)動，怎么求解，就會涉及到運(yùn)動方程，通常我們也會設(shè)定好常用的運(yùn)動方程給到大家，所以這個詞也是只需要大家了解

當(dāng)需要非常精確的積分方法并采用溫度和/或壓力耦合時, 使用速度Verlet積分方法可能更好

(資料圖片僅供參考)

怎么理解初始速度？

初始速度：分子需要運(yùn)動一個是給力，一個是給速度，初始速度是為了更好的讓體系能更加符合真實(shí)的情況，所以通常需要設(shè)定相關(guān)速度，在我們的軟件里會幫大家選擇通常使用的玻爾茲曼分布，這個大家需要深入學(xué)習(xí)可以去了解，目前就只是告訴大家有這么個東西。

怎么理解步長？

步長：步長指的是原子運(yùn)動多長時間，我們得到相應(yīng)的結(jié)果進(jìn)行反饋給電腦再次進(jìn)行計(jì)算，因?yàn)樵右苿雍芸?，所以不能步長不能設(shè)定的太長，用來保障計(jì)算的的精度

設(shè)定的步長太長了，就沒辦法判斷正確的移動軌跡

步長短了，就會加大計(jì)算工作量

為啥模擬模擬時間比眨眼還短？

時長為啥只有ns級別：因?yàn)槟隳M的系綜都是微觀態(tài)，而這種微觀態(tài)的反應(yīng)是通過時間來平均得到的，平均下來就是一點(diǎn)點(diǎn)了。因此你也會發(fā)現(xiàn)尺度越小，分析的物質(zhì)速度越快，比如電子運(yùn)動速度是明顯快于分子的，顯微鏡下看的物質(zhì)運(yùn)動速度會更慢。這個東西怎么理解，就是你的實(shí)驗(yàn)小試幾個小時，中試是幾天，產(chǎn)業(yè)投放需要十幾天，因?yàn)榉肿佣嗔?，體系大了，速度也慢了

怎么理解幀數(shù)與軌跡？

幀數(shù)與軌跡：我們所以的分子動力學(xué)分析是基于分子運(yùn)動軌跡來的，軌跡的展現(xiàn)就是幀數(shù)的數(shù)量，每個幀數(shù)會對應(yīng)相應(yīng)的時長，通常做分子動力學(xué)模擬時，一定要先預(yù)估好計(jì)算的時長，然后設(shè)定輸出的幀數(shù)，這樣能保障后續(xù)統(tǒng)計(jì)分析中不會出現(xiàn)幀數(shù)問題導(dǎo)致的分析失敗的結(jié)果。幀數(shù)少，則統(tǒng)計(jì)分析會出現(xiàn)失真，幀數(shù)多則會影響計(jì)算速度，同時太占存儲空間

就像動畫是一樣的，每次一幀，連在一起就可以看出動畫效果，我們也可以看出分子運(yùn)動的軌跡效果

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